Ainda que o esquema tradicional de classificação aqui apresentado seja o mais utilizado, alguns autores consideram Seisonidea e Bdelloidea como ordens dentro de uma classe chamada Digonata. Outros dividem o filo em duas classes: uma que contém os Seisonidea e a outra contendo Bdelloidea e Monogononta, sob o nome Eurotatoria. Em algumas filogenias moleculares, os “vermes de cabeça espinhosa”, ou acantocéfalos, emergem dentro de Rotifera.