A maioria dos rotíferas têm de 0,1 a 1mm de comprimento, são bilateralmente simétricos e possuem corpo alongado. O corpo é coberto por uma cutícula esculturada, denominada lorica, e sua coloração geralmente é transparente, embora possa ocorrer variações dependendo da cor do trato digestivo.

 

Anatomicamente, o seu corpo é dividido em cabeça, tronco e pé. Na cabeça localiza-se uma coroa de cílios que é usada para gerar uma corrente que empurra partículas em direção à boca, este movimento dos cílios também é utilizado na natação dos rotíferas. A região central da cabeça não possui cílios e é chamada de campo apical, nele está a boca, que é ligada a uma faringe mandibulada chamada mastax, usada para triturar alimentos.

 

No tronco localizam-se a maioria dos órgãos dos rotíferas, ele pode ser cilíndrico ou achatado e é coberto pela lorica, que é endurecida e pode se dividir em placas ou seções anelares, ela também pode ter espinhos ou apêndices articulados.

 

O pé, também chamado de cauda, destes organismos é estreito e móvel, e pode ser retraído para dentro da lórica. Esta extremidade do corpo geralmente apresenta de uma a quatro projeções, chamadas de esporões ou dedos. Ele é modificado de acordo com o hábito de vida do animal, sendo assim, em espécies bentônicas o pé permite a fixação no substrato a partir de dutos presentes nos dedos que produzem uma substância adesiva, permitindo que o animal se fixe no solo, já nas espécies pelágicas os esporões podem estar reduzidos ou ausentes.